Muggsopp oppstår som følge av fuktighet i vegger, tak eller ventilasjonskanaler. Sporene fra muggsopp pustes inn og kan forårsake bl.a. asma, allergier, hodepine, tretthet og en generell nedsatt allmentilsatnd.

Reaksjoner på muggsopp vil variere sterkt fra person til person.

Muggsoppsporer finnes naturlig i uteluft og muggsopp analyser benyttes til å identifisere rom eller områder med markert høyere sporeinnhold i forhold til uteluften i området. 

Muggsopp i inneluft kan tas på flere måter. En vanlig måte er å pumpe luften over en agarskål og dyrke frem sporene for bestemmelse av mengde og evt. type muggsopp.